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（注：以下只列举在漫画原作中登场，并出现姓名或代号的成员；其他人物详见表格介绍）
主要成员
朗姆Rum，琴酒Gin，伏特加Vodka，贝尔摩德Vermouth，基尔Kir，即水无怜奈/本堂瑛海，CIA的卧底
基安蒂Chianti，科恩Korn
波本Bourbon，即安室透?/降谷零，日本公安警察的卧底
已脱离组织
雪莉Sherry，即宫野志保，脱离组织后化名灰原哀
黑麦威士忌Rye，即诸星大/赤井秀一，FBI的卧底
沼渊己一郎被捕，
已死亡
龙舌兰Tequila
皮斯克Pisco，即枡山宪三
卡尔瓦多斯Calvados
宫野明美化名广田雅美
宫野厚司，组织的科学家，死亡故事为口传
宫野艾莲娜，伊森·本堂CIA的卧底
楠田陆道
苏格兰威士忌Scotch，日本公安警察的卧底
首脑
那位先生（Boss，あの方）
那位先生是组织成员对黑衣组织首领的称呼，也称“Boss”。没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，身份成谜。“宠爱的女人”是贝尔摩德。其邮箱地址的按键音旋律为《七个孩子》。据作者青山刚昌所说已登场并出现全名。
“那位先生”（后方黑影）与其下属琴酒等人
主要成员
朗姆（Rum，ラム）
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。[7][8]在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩得（Vermouth，ベルモット，又译苦艾酒）
黑衣组织重要成员。真实身份为美国大明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。精通易容与变声。负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。在纽约曾新一和小兰救下曾救过他，此后一直保护两人。知道柯南和灰原的真实身份，但却并没有上报组织，原因似乎也与她自身原因有关。与Boss有着特殊关系，具体不明。
雪莉（Sherry，シェリー；已脱离组织）
黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。据琴酒所言是“在组织里算是少数头脑顶尖的人”。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被组织囚禁时服下APTX4869自尽，却身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
皮斯克（Pisco，ピスコ；死亡）
黑衣组织元老级成员。本名枡山宪三，71岁，汽车公司董事长。与Boss关系密切。与宫野夫妇交情很深，了解到一些开发中的药物情况，并见过幼年志保。在暗杀政治家吞口重彦的行动时失误，在Boss的要求下被琴酒灭口。曾一度认出灰原哀为宫野志保，并暗杀其未遂。
龙舌兰（Tequila，テキーラ；死亡）
黑衣组织成员，操关西口音的大汉。在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子而被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
卡尔瓦多斯（Calvados，カルバドス；死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一击伤，在被带走调查前自杀身亡。
基安蒂（Chianti，キアンティ）
黑衣组织中的狙击手，与科恩搭档，有效射程为600码左右，实力强劲。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常画很重的眼影。性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
科恩（Korn，コルン）
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，狙击能力在600码左右，技术出众。性格冷酷、沉默寡言。参与过多次暗杀行动。同样讨厌贝尔摩德。
宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，宫野明美、宫野志保的父亲，在科学界以遭驱逐的“疯狂科学家”而闻名。和妻子宫野艾莲娜一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究。在志保出生后不久便与妻子一同“意外死亡”。
宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，英国人，宫野明美、宫野志保的母亲。和丈夫宫野厚司一起进行药物研究。沉默寡言，人称“坠入地狱的天使（HellAngel）”。在志保出生后不久便与丈夫一同“意外死亡”。生前对自己的死亡有所察觉，并且为尚且年幼的女儿志保留下了几盘录音。
底层成员
宫野明美（死亡）
黑衣组织的基层成员，宫野志保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是组织成员而被迫加入组织。为了自己和妹妹能够脱离组织，化名广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒杀害。
楠田陆道（死亡）
黑衣组织基层成员，为了寻找失踪的基尔而奉组织之命装病住进杯户中央医院进行秘密调查的眼线。被FBI发现而驾车逃亡，发觉追踪者是赤井秀一后举枪自杀。赤井秀一后将其尸体用于假死计划。
沼渊己一郎（被捕）
黑衣组织培养的杀手，但因达不到预期要求，而被送到宫野志保处作为药物实验对象。在实验前逃跑，后制造了连环杀人案，被捕。
老人
姓名不详。两年前赤井秀一在组织的卧底调查即将结束时，制定了约琴酒见面、FBI趁机实施抓捕的计划。该老人先于琴酒来到约定地点，FBI搜查官安德雷·卡迈尔上前提醒他“这里很危险，快点离开”，却不知该老人为黑衣组织成员。此事导致抓捕计划失败，并使赤井的卧底身份暴露，间接导致宫野明美的死亡。
卧底
基尔（Kir，キール）
CIA派入组织的卧底，本名本堂瑛海，化名水无怜奈。伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。表面身份为日卖电视台主持人（重回组织后已辞职）。在于一次暗杀政要的行动中遭遇车祸，被FBI当作真正组织成员擒获，一直在医院昏迷。苏醒后FBI才得知其身份，将她送回组织继续完成任务。
基尔/水无怜奈/本堂瑛海
黑麦威士忌（Rye，ライ；已脱离组织）
FBI搜查官，真名赤井秀一，宫野明美的男友。曾化名诸星大，接近宫野明美并依靠志保的人际关系打入组织内部，卧底三年。期间得到Boss赏识并获得代号“Rye”。因FBI搜查官安德雷·卡迈尔的失误导致赤井身份暴露并脱离组织，并致使宫野明美被琴酒杀害。Boss称之为可以射穿组织心脏的银色子弹。为了帮助重新回到组织卧底的水无怜奈骗取琴酒的信任，假装中弹身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀。
波本（Bourbon，バーボン）
日本公安警察派入组织的卧底，本名降谷零，化名安室透。人称“神秘主义者”。曾在小时候与宫野艾莲娜有过接触。表面职业为私家侦探，并在波洛咖啡厅打工，拜毛利小五郎为师。对柯南的身份产生了兴趣。与赤井秀一相互反感，曾伪装成伤疤赤井来试探FBI，后推断出赤井未死及赤井假扮为冲矢昴活动。
伊森·本堂（死亡）
CIA派入组织的卧底，本堂瑛海（水无怜奈）与本堂瑛祐的父亲。第二代日裔美国人，30年前加入CIA成为谍报员。不太爱说话，使用多个假名。曾潜入组织卧底调查。4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而自杀身亡，并造成“审问水无却反被她所杀”的假象，使水无躲过组织怀疑并得到Boss的垂青。
伊森·本堂
苏格兰威士忌（Scotch，スコッチ；死亡）
日本公安警察派入组织的卧底，安室透的同事。卧底身份暴露后，在组织套问出其名字之前，在赤井秀一面前自杀。