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六十多亿年以前，在新生太阳的一个轨道上，无数陨石、宇宙尘埃聚合，渐渐形成以个适合生命生存的星球——地球，但是，在之后的数十亿年时间，地球并未孕育出生命。
直到四十多亿年以前，一颗巨大的星体降临地球——月球，由宇宙中的一个未知的始祖民族建造，可以说是一艘宇宙飞船，作为生命之源的载体，在宇宙中散布生命的种子。
生命之源脱离月球，植入地球的南极，外形是一颗小型星体被称作“白之月”。
白之月的生命之源，也可以称之为生命之树，本身追求终极进化，寻求可以适应各种环境的生命形态。生命之树在适合生命生存的星球上播散生命的种子，由此诞生各种各样的生命，生命之树会选择一种，并引导这种生命不断进化，当这种生命进化到顶点之后，生命之树就会将所有生命灭绝……其实也不算灭绝，只是所有生命都会融合为一体，成为拥有永恒生命的超级生命体，可以说，这个生命就是生命之树结出的果实，也就是使徒。
生命之树会将这个生命果实作为进化的蓝本，封印到白之月中。
生命之树在地球上诞生的第一个使徒，也就是生命之树的自我意志的载体，包涵了生命之树在漫长宇宙旅途中获取的所有奥秘，也是地球生命的源头，名为——亚当（Adams）。
亚当诞生之后，向荒芜的大地散播生命的种子，并引导进化，当生命进化到顶点的时候，就进行收割生命之果。等到某一天太阳燃尽的时刻，亚当会选择其中最完美的一颗生命果实，与之融合进化，再次飞上月球，踏上横渡星河的旅途。
数十亿年的时间过去，同样的生命进化的历程，已经经历了十次轮回，如果不出意外，这样的过程将继续下去，直到太阳燃尽的那一天。
正所谓无巧不成书，意外终于还是出现，也就在6500万年以前，恐龙主宰地球的时代，一个与生命之树类似的生命之源来到太阳系地球，可以称之为智慧之树，搭载它的星体也就是“黑之月”，此时，智慧之树也诞生它的第一个使徒——莉莉丝（Lilith）。
一个星球怎么容纳两个生命之源？一山不容二虎，不可避免地，亚当与莉莉丝之间爆发冲突。
莉莉丝与亚当同时发现，如果它们两者结合，再加上一颗完美的生命之果，必将诞生一个超越它们的生命体，但是，谁也不愿意被吞噬，都想成为新生命体的主导者，冲突也就演变成你死我活的战斗。
与亚当进化出优秀的基因、适应各种环境的进化方向不相同，莉莉丝走的是智慧进化路线，通过不断积累知识，获得适应环境的生存能力，乃至于改造自然。
亚当与莉莉丝是同等的存在，但是，单就力量上来说，莉莉丝比亚当弱小一些。最终，莉莉丝以受创严重的黑之月撞击地球，导致了当时地球生命的大灭绝，也就是第一次冲击。作为当时地球霸主的恐龙难逃劫数，大部分都成为地层中的化石。
第一次冲击也导致了亚当停止活动，莉莉丝本身也陷入沉睡，不过，莉莉丝也释放出了它的生命因子，它的体液LCL——生命之汤。
亚当与莉莉丝双方都陷入沉睡，但是，它们的斗争并未结束，演变为它们各自的生命因子的竞争。地球上残存的生命，也就是亚当散布的生命种子继续繁衍进化，当然，没有亚当的引导，却受到莉莉丝释放的生命因子的影响，这一次生命的进化的演化更加多样性，彼此的竞争更加激烈。
亚当引导进化是不断改变生命的基因，莉莉丝的智慧因子则是作用于生物的脑部、神经系统，改变其构造，产生智慧生命。智慧因子影响了地球上生命进程，许多生物都受到智慧因子的影响，生命不断的竞争中，最终，只有一种古猿在智慧因子的引导下，进化出一种真正的智慧生命，也就是今天的人类，在之后的百万年时间，人类迅速成为地球的主宰。
莉莉丝在智慧因子中留下，潜藏在人类的灵魂记忆之中一些信息，在人类成为真正的智慧生命之后，一些超凡的人类会记起这些信息，当然，他们自己并不明了这些信息的真实含义，只将它当做神的启示。于是，将这些信息便以宗教典籍的形式记录并保存下来。
莉莉丝告诉人类，在未来的某个时刻，又一次的生命大进化、大灭绝将来临，到时候，将会诞生同时拥有生命之果与智慧之果的生命。
这一切已经注定，谁也无法阻止。
但是，主导这一次进化的生命，究竟是亚当还是莉莉丝，作为进化蓝本的生命，是使徒中的某一个，也或者是莉莉丝的后裔人类，成为双方争夺的焦点。
理所当然，莉莉丝将希望寄托在它的后裔——人类身上，人类也是莉莉丝的使徒，它遗留的信息中，也记载了与人类的契约。
1947～1956年间，一个人类考古队，在死海西北基伯昆兰旷野的山洞发现的古代文献，由希伯来文写成，人类将之称为《死海文书》，起初也并不重视，只是作为一般的宗教典籍看待。
但是在之后的一系列重大考古发现中，人类发现许多无法解释的奥秘，这些奥秘都被《死海文书》很好的解释，并且，许多事情也已经被《死海文书》预言，人类意识到《死海文书》可能就是揭开一切奥秘的关键，于是开始破译《死海文书》的信息，终于，人类揭开了自身来源的秘密，同时也知道了未来即将发生的事情。
因为根据《死海文书》记载，第二次冲击发生之后的20年后，第三次冲击人类就会彻底灭亡，第三次冲击的一个诱因就是使徒与亚当接触，为了人类的生存与延续，人类必须进化才能生存。
于是，一部分人类按照莉莉丝遗留的讯息，开始一个巨大的计划，让人类走上进化的永生之路，也是毁灭之路。这也就是人类补完计划，消除人与人之间个隔阂，洗刷世间的一切罪恶、悲伤，将人类再次融合成初始的状态、回到莉莉斯，再得到亚当的生命之果，成为永恒的生命。
当然，真正知道这一切的，只是一小部分人，如今他们已近是人类的高层，幕后操控着一切。
从第二次冲击至今，人类补完计划逐步进行，破坏了白之月、封印了亚当，成立Nerv并建造EVA抵御使徒。如今消灭使徒只是补完计划的一小部分，但也是相当关键的一部分，可是，谁也不会想到，出现了一个《死海文书》绝没有料到的变数。
Nerv总部的一个漆黑而巨大的的房间中，悬浮一块块如同墓碑一般的黑色石碑，上面暗红色的01、02……07的数字，以及七只眼睛以倒三角形组成的标志——SEELE，也就是人类补完委员会。
石碑中间一道光亮笼罩着一个办公桌，坐着Nerv司令碇源渡，依旧那副阴沉脸，双手交叠在鼻下的姿势。
天顶之上，一段影像资料正在播放，在漆黑的房间中显得尤为醒目，影像播放完毕，房间中沉寂了一会儿，一个石碑传来一个低沉的声音：“超常生命体01，作为人类名为兰斯，《死海文书》中没有任何记载，原本以为只是一个无足轻重的小意外，但是，这次与第七舰队作战暴露了他的能力，他对人类补完计划的威胁显而易见。”
“至今我们无法找到任何关于他的详细资料，如今唯一能够想到的答案，只有外来生命再一次闯入了地球这一条，《死海文书》也不可能预料地球之外的事情。”
“盗取了生命之果，并在短时间完成进化，作为一个追求进化的生命体，他一定不会放过亚当或者莉莉丝，如果让他得手，我们人类如何自处？人类补完计划又怎么完成？”
“我们必须加快人类补完计划的进程！”
“但是，人类补完计划需要使徒的血染红大地作为祭奠，仪式所需要的时间，并不是我们想加快就可以加快的。”
“第六使徒被其以未知的方法捕捉、吞噬，那么只有他来作为替代品，也许也会是更进一步进化的一个契机。”
“尽管还不知道他的极限，但他已经拥有生命之果，以其本身的智慧，已经接近于神的存在！实在太危险，千万年的进化，他可能在几天的时间完成，不能再等，必须尽快解决他。”
“将其抓获进行研究？还是设法将其排除？”
“抓获有多大把握？排除又需要付出多大的代价？”
“这一切都难以预料。”
接下来，七个石碑展开讨论，最终意见并不统一，但是较为一致的一点是，不能放任兰斯不管，必须采取必要的措施，最好能让其成为人类补完计划的一环，但是，面对一颗可能已经是神之境界的生命，其中风险也是可与预见的。
“交给你了碇.源渡，尽管你只是负责EVA与Nerv的正常运作，但是，目前能够对抗这种生命的，大概也只有EVA了。”
“我会尽力的，但是不能保证时间，毕竟对于目标的了解太少。”
“这一点，我们清楚，一切交给你了。”
石碑上的红光消失，陷入黑暗中，一声开关跳动的声音，周围恢复明亮，只有碇.源渡坐在空旷的大厅中。
“出现了意料之外的变数，你有什么打算？”冬月耕造问道。
“无论什么，就算是神，也不能阻挡我前进的脚步。”碇.源渡面无表情，只是淡淡地道。
…………
一个小时之后，Nerv指挥大厅。
Nerv基地警报长鸣，卫星探测到位于北极的伯达尼基地发生爆炸，突发事件让Nerv所有工作人员紧张忙碌了一段时间。之后，很快传回来关于这次爆炸的情报，人类从永恒冻土中挖掘出来，用于解剖研究的第三使徒，终究还是逃脱了封印，五号机与第三使徒激战，最终与第三使徒同归于尽，伯达尼基地也在五号机的自爆中彻底抹除。
一干工作人员对于伯达尼基地的结局心惊胆战，但是，得知第三使徒毁灭，也都放松了一些。
“如你所料，他们果然出手了，这是太平洋第七舰队与兰斯战斗的影像。”赤木律子面色阴沉地出现，拿了一份影像资料丢到葛城美里面前。
“看你的脸色，难道情况很糟？”葛城美里问道。
赤木律子无奈地道：“何止是糟糕，简直是糟糕透顶，他竟然吸收了第六使徒的能力、生命之果，A.T力场还可以算是学习，这一次在如此短的时间完成这种进化，这完全不科学！”
葛城美里在大屏幕上播放兰斯与第七舰队的战斗影像，指挥大厅顿时陷入静默，此刻的兰斯活脱脱就是一个人形的第六使徒，但是，显然他比第六使徒危险得多。
只见兰斯眼部覆盖了单目眼镜一般的菱形蓝色晶体，所有人都一眼看出，正是第六使徒的躯体材质，在他的右手，是一根同样材质的长二十多米的锥体，顶端一颗小小的生命之果，锥体周围环绕六颗菱形晶体，不断旋转，在他的背部出现一个五角星模样的晶体结构，抬手就是一束能量束穿透一艘重型巡洋舰。
接下来，随着兰斯背部与手上的晶体的形态变换，射出不同威力的炮击，将一艘艘战舰轰爆。简直如同射击表演一般，除了单次射击，连续射击几乎没有间歇，同时可以发射数发炮击……各种花样。
第七舰队全灭，战舰通通沉入海底，水面上只剩下一些人在红色海水中挣扎。
“这家伙玩得挺高兴的！”葛城美里咬牙道，如果是使徒消灭人类，还没有什么感觉，但是，一个与人类一般形态的生命做这种事情，同时面带轻松惬意的表情，让她有些难以接受。沉吟一下，葛城美里问道：“碇司令也看过了吧？”
“是的。”赤木律子也没隐瞒。
“有什么命令吗？”葛城美里问道。
“他说让你按照你的想法去办，不过，前提是不能对迎战使徒的计划造成影响。”
“最开始完全不听我的建议，现在却将这么大的包袱扔给我！混蛋！”葛城美里先是气呼呼地大骂，随即露出伤脑筋的神情，低声念叨：“现在这家伙厉害了不知多少，并且我们对他所知不多，那可就难办了！”
原本，葛城美里积极推行趁早消灭兰斯，并制定了一系列计划，但是，要对付如今的兰斯，以前的策略已经完全行不通，必须另想办法。
而兰斯最难对付的一点，就是关于他的情报，可以说是一片空白，不知道他的目的，自然也找不出弱点。人类目前与使徒交战，建立起来的优势，一大原因就是无论使徒多强，人类对于它们的目的相当清楚，使徒全部冲着Nerv本部的地下而来，兰斯没有表现出兴趣，至少目前如此。
无论从哪个方面来讲，这一次的作战难度极高，不过，作为多次成功歼灭使徒的指挥官，葛城美里还是相当有自信的，她对于人类的能力与智慧也抱有相当的自信。只要花一些时间，一定可以找到对方的弱点，只要一个适合的机会与方案，就可以将其歼灭。
当然，与使徒一样，机会只有一次，一旦失败，可能遭致可怕的报复，对方不是使徒，可不会顾忌太多，必须比与使徒作战更加谨慎。
下定了决心，葛城美里开始思索目前获得的信息，询问：“目标现在在什么地方？”
赤木律子回答道：“如果没有改变行进方向的话，现在应该已经抵达南极。”
“南极……他去那里干什么？”葛城美里不解，说道南极，顿时勾起她对第二次冲击的回忆，眉头紧蹙。
“第二次冲击之后，那里已经成为一个非常干净的世界。”
南极确实是一个干净的世界，但也毫无生机，因为地轴的偏移光线也不好，一片单调乏味的暗红之色。
与第七舰队交战之后，兰斯加快了飞行速度，兰斯抵达了南极，南极大陆已经不存在，只剩下一个红色海水填充的巨大空洞。
没有了起初的新鲜感之后，兰斯对于南极也失去了兴趣，如果不是书记系统记录这里有一定的解析价值，他早就离开。
停留了三天时间，解析完成，兰斯向着第三新东京市返回。
这一次没有遇到什么舰队，在即将抵达第三新东京市的时候，倒是遇到了舰队，不过，他们正在与一个使徒交战。
那是一个摆钟造型的使徒，一块块黑色钢铁铸成的铁蒺藜一般的结构，拼合成龙门架的躯体，中间挂了一个球形钟摆，上端小小的球形脑袋一个带着尖尖的鼻子的面具，两边两条黑色棍子双足，踩高跷一般在红色的海面上前进，每一步都会在海面踩出一个雪白的雪花花纹，海面也瞬间冰冻。
使用常规武器的舰队，这一次又是牵制使徒的炮灰角色，上方的脑袋一转，一个闪光海水腾起爆炸一般的十字状海浪，将一艘艘战舰冲到半空撕裂。
眼看使徒即将登陆，高空中传来滚滚轰鸣，数架战斗机护卫着一架超大型运输机抵达，一个巨大的人形从天而降。自然是EVA，一身红色的鲜艳涂装，手臂上有一些白色条纹，昆虫一般的脑袋，两对圆圆的摄像头一样的绿色眼睛，兰斯记得这应该是二号机，具体有多强兰斯不清楚，不过，二号机的驾驶员的操控技术、战斗意识比初号机驾驶员强了不知多少。
二号机自高空落下带着巨大的惯性，背上还安装了推进器，使徒射出一根根黑色鞭子一般的结构想要缠住二号机，二号机翻转腾挪之间，轻松避过，还抓到一同下落的巨大枪械，一发子弹将使徒的脑袋下方的小小的生命之果射爆，使徒的躯体瞬间垮塌解体，发出一阵叮当声，不过，下一刻，使徒位于下方的球形“钟摆”翻转上来，同时躯体再次组合，原来上面的脑袋只是假象，它真正的核心位于下部。
二号机驾驶员随机应变能力极强，几乎没有犹豫接着就射出几发黑色短棍，钉在使徒的A.T力场上，二号机一个翻滚，二号机如同闪耀的红色陨石，一脚踹在之前射出的短棍上，一个巨大的彩色多层八边形A.T力场显现，不过，二号机此时所带的动能实在太大，加上力量完全通过短棍集中在一点上，叮叮叮几声脆响，二号机直接穿透了使徒的球形躯体，并从中将生命之果踢出踢碎。
这么几下就给解决了？是二号机太强，还是钟摆使徒太弱？兰斯感觉主要还是使徒太傻，智慧不高，只有本能，根本不会逃跑之类的。
不过，使徒终究还是珍贵的解析样本，就在使徒无法维持形体，在半空化作无数血水的一刻，兰斯迅速飞上前采集样本。刚采集了一些，使徒爆炸，一道红色十字光柱冲上数千米高空。
叮叮叮！
二号机突然射出三枪，目标就是兰斯，兰斯随手就是一道光炮，将二号机射出的黑棍消融，并将其击中，当然，只是随手一击，二号机有A.T力场防护，光炮并没有造成多大伤害，只是让二号机的落地极为狼狈，狗吃屎一般的姿势，几乎倒栽。
兰斯也没再理会二号机，转身飞离，为了早些离开这个世界，兰斯可是勤快多了，成果也是明显的。世界解析进度比以前在其他世界快不少，照这么下去，可能两三年就可以离开。说起来，真的要加快解析进度，直接到Nerv总部地下参观一下，会不会更快？
蓝色晶体覆盖兰斯的双眼，这是雷米的远程感应能力，与兰斯结合后，兰斯自然也能使用，并且结合兰斯本身的感知力更为强大，兰斯将之称为扫描系统。扫描系统除了有威胁的目标，结合书记系统的一些记录标注，还能看到一些其他东西，比如有价值的解析素材。
兰斯将目光投向第三新东京市方向，视野中显现如同一层层红外线画面的图像，拉近放大，竟然穿透了一层层特殊防护装甲，一直到Nerv的地下空间，再往下就有些力不从心，不过，依然能够感知到在Nerv总部，最下层存在一个极具解析价值我物体。
要不要再次进入Nerv总部？兰斯低头衡量其中的风险和价值，一时拿不定主意，打算从另外的角度看一看，不经意间以抬头，兰斯突然发现一个极有解析价值的物体——刚刚从天边升起的月亮。
月亮已经远远超过了兰斯的感知距离，不过，视野中确实以紫色标识，表示那是一个极具解析价值的物体。
书记系统：……月球……建议近距离观察……
到月球上去转转，果然是一个相当吸引人的主意，兰斯还真没去月球上玩过。不过，兰斯也不急于一时，毕竟月球就在那里，也不会跑掉，先回家休整一下，再做一些准备，上网找点月球的资料之类的。
“啊啊啊！气死我了，让我这么丢脸！都是你这家伙，作为Eva驾驶员，关键时刻去却不在，你到底在搞什么？你这个权二代！”
二号机驾驶员明日香一手抓着碇.真嗣一边大声喊叫，本来架势二号机轻松解决使徒，第一次演出可以说非常完美，可是偏偏在这个时候遇到一个奇怪的家伙，有着奇怪的A.T力场，明日香根本没多想，凭着训练出来的直觉与本能射击，结果让其一道光炮轰得人仰马翻，心中气恼至极，只能拿一看就非常好欺负的碇.真嗣出气。
发泄了一些，明日香问道：“美里小姐，刚才那家伙是什么？人类？使徒？”
“超常生命体01，超出我们认知的一个生命，这里不方便说话，其他具体的，以后会告诉你。”葛城美里说道，目光望着兰斯消失的方向，耳机中传来指挥中心的监控报告，兰斯在第三新东京市上空停留一阵子后离开。
明日香不快地看了眼跟随碇.真嗣的同班同学，点头表示明白，还是有些不甘心，问道：“那么，是敌人吗？”
“应该算是。”葛城美里点头。
“那好，一定要把那家伙留给我，我要狠狠地教训他一顿！”明日香干劲十足地道。
葛城美里已经在制定对付兰斯的计划，不过，到目前为止制定的众多方案，根据三贤人系统估算，成功率都低得难以想象，为了获取更多情报，葛城美里决定进行一些小的试探，但是，也就在她的计划准备发动的头一天，接到监控消息，目标似乎准备再次出行，目的地未知。
监控画面出现，兰斯背了一个行囊，飞在半空，一些镜面一样的蓝色晶体在他体外浮现、组合，如同一大两小三个三角锥五面体连成“山”形，尾部是两颗小型的生命之果，如同推进器一般喷射一圈不大的火焰，然后想着高空飞去，众人这才看出那应该是一艘飞船。
“这家伙究竟是什么呀！真方便的能力！”明日香有些羡慕地大叫道。
“这就是他吸收的第六使徒的能力，在一个具有高等智慧的生命手上，同样的能力，发挥出更为可怕的效用，我们必须再次调整对他的估计。”赤木律子凝重地说道，语气却是带了不少无奈。
“他的目的地会是哪里？”
“如果照这样的速度和方向飞行，他很快就能进入外太空。”赤木律子推测道。
“外太空！”葛城美里对于对付兰斯心里更没底，如果赤木律子的推测成立，就意味着，目标随时可以去外太空，即便以人类目前的科技、加上EVA，与兰斯的战斗完全就不在一个层面上。
“向外太空而去，难道他想要离开了吗？”葛城美里猜测，
“离开？那怎么可以？我还没狠狠教训他一顿呢！”明日香握紧拳头。
“严密监视吧，我倒觉得他真的能离开也不错。”赤木律子说道，为了这个家伙，她已经许久没好好休息，各种不合理，让一干子科学家都有些崩溃。
时间一分一秒过去，半个小时后，工作人员报告：“通过卫星监控与电脑对其飞行轨道的推算，超常生命体01的目标，应该是月球！”
“月球……月球有什么？”葛城美里思索着。
赤木律子想了想，透露了一个秘密：“如果我看到的一些资料没有错的话，应该存在一个月球基地。”
“月球基地！？我完全没听说过。”葛城美里一惊，盯紧赤木律子希望她说出更多秘密。
赤木律子耸耸肩，道：“别这样看我，我也不知道更多的，那里可不是我们能够插手的，就让其他人头痛去吧，我们只能在一旁看热闹。”
葛城美里下令：“让观测卫星继续跟踪，不要放过一点线索。”
“目标遭到联合**武装卫星的拦截！”
“拦截失败，武装卫星全灭！”
“预计目标将于十八小时三十六分钟之后抵达月球。”
“目标突然加速，速度提高了十倍，目标脱离监控范围……”
“就算科技发展到目前的地步，我们人类的生命形态依然无比脆弱，就算拥有智慧之果，面对这样超出认知的家伙，还真是让人无力啊！”赤木律子有些泄气。
在圣斗士世界，兰斯可是经常穿越异次元空间，超越光速的飞行都体验过，来到这个世界，就算小宇宙处于半解锁状态，依靠雷米无限能源的支撑，地球到月球四十多万公里的距离还真不算什么，也就是几个小时的事情。那些武装卫星，没有对兰斯造成任何阻碍，只是让他明白有人不希望他去月球，倒是让对月球更加感兴趣。
远远的，月球看起来只是一颗球形石头，随着距离越来越近，似乎要迎面撞上来一样，伴随巨大的压迫感。兰斯减缓了速度，形态变换，晶体飞船解体，适应了一下宇宙空间的无重力、无空气状态，兰斯自凭借A.T力场落向月球表面。
除了那些陨石坑、月之海，兰斯看到一条清晰醒目的血红色痕迹，在痕迹上的一处月之海中，搭建了一个远看起来有些简陋的人类建筑，近看除了周边一些应该是用于居住的房屋，更多的是机械、支架一类的，一些太阳能板遮蔽了一片空间，周围是一些奇形怪状的宇宙飞船，工程飞船、身穿宇航服的人员忙碌。
兰斯徐徐朝着人类基地落下，正要启动扫描系统与书记系统查看，一名少年迎面飘来，没有携带任何辅助生存的设备，红色的双瞳，浅灰发色，面容中性，一身简单的白衬衫、黑色长裤，双手插在裤兜里，面露一丝温和的微笑，道：“初次见面！”